Die Hochschule für Musik FRANZ LISZT Weimar begreift Musikforschung als wissenschaftliches Reflektieren, das eine Wissensbrücke zwischen historischer und gegenwärtiger Musikpraxis, auch in der Verbindung zwischen Kulturen und Kontinenten, herstellt. Sie fördert die Verknüpfung von Theorie und Anwendung und generiert umfassend Informationen für die musikalische Praxis.

Das Institut für Musikwissenschaft Weimar-Jena gilt in seiner heutigen Ausrichtung als Modell für eine zukunftsorientierte Musikwissenschaft, die – neben dem für eine moderne Musikhochschule unabdingbaren "Kerngeschäft" (Alte Musik, Musik des klassisch-romantischen Zeitalters und Musik der Gegenwart) – die Gebiete Populäre Musik, Musik im Zeitalter der Globalisierung und Jüdische Musikgeschichte berücksichtigt.

Am Institut für Musikpädagogik und Kirchenmusik genießt neben der Lehre auch die Forschung einen hohen Stellenwert. Die Forschungen der hier arbeitenden Wissenschaftler*innen beziehen sich insbesondere auf die Bereiche der empirischen und systematischen Musikpädagogik. Im Fokus stehen zumeist Forschungsfragen an der Schnittstelle musikpädagogischer Theorie und Praxis.